Différences

Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.

--- apptainer [2026/03/20 14:36] – créée admin
+++ apptainer [2026/03/20 15:11] (Version actuelle) – admin
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-====== Utilisation d'Apptainer avec OpenBLAS ======
+====== Utilisation d'Apptainer ======
-Cette page décrit comment créer et utiliser un conteneur Apptainer contenant OpenBLAS
+Cette page décrit comment utiliser Apptainer pour faire tourner un programme C
-pour soumettre des jobs de calcul sur le cluster.
+utilisant la bibliothèque OpenBLAS sur le cluster. Elle couvre la création de
+l'image conteneur, sa construction sur votre machine personnelle, son transfert
+sur le cluster, et la soumission d'un job Slurm.
+OpenBLAS n'étant pas installé sur les nœuds de calcul, Apptainer permet d'embarquer
+la bibliothèque dans une image portable et de l'utiliser sans intervention de
+l'administrateur système.
 ===== Prérequis =====
   * Avoir Apptainer installé sur sa machine Linux personnelle (voir [[https://apptainer.org/docs/user/latest/quick_start.html|documentation officielle]])
-  * Avoir accès au cluster via SSH
 ===== 1. Créer le fichier de définition (.def) =====
 Le fichier `.def` est la recette de construction du conteneur. Il décrit le système
-de base et les logiciels à installer.
+de base et les logiciels à installer. Pour cet exemple on souhaite un conteneur qui peut compiler et faire tourner un code qui nécessite la bibliothèque OpenBLAS.
 Créez un fichier ''openblas.def'' sur votre machine personnelle.
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     export LD_LIBRARY_PATH=/usr/lib/x86_64-linux-gnu:$LD_LIBRARY_PATH
-%labels
-    Author      votre.email@exemple.fr
-    Version     1.0
-    Description Image HPC avec GCC 13 et OpenBLAS
 </code>
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 Recommandée si vous souhaitez contrôler précisément les options de compilation
-(optimisations CPU, support multithread, etc.).
+(optimisations CPU, support multithread, etc.), ou que votre bibliothèque n'est pas dans les packages standard.
 <code>
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 %environment
     export LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/lib:$LD_LIBRARY_PATH
-%labels
-    Author      votre.email@exemple.fr
-    Version     1.0
-    Description Image HPC avec GCC 13 et OpenBLAS compilé depuis les sources
 </code>
-<note tip>
-Compiler depuis les sources (Option B) permet d'utiliser exactement le même compilateur
-et les mêmes options que sur le cluster, ce qui est utile pour des benchmarks de performance.
-</note>
 ===== 2. Construire l'image sur sa machine personnelle =====
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 apptainer exec openblas.sif ls /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libopenblas*
 </code>
+La première commande doit afficher la version de GCC, par exemple :
+  gcc-13 (Ubuntu 13.3.0-6ubuntu2~24.04) 13.3.0
+La seconde doit afficher le chemin de la bibliothèque OpenBLAS, par exemple :
+  /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libopenblas.so
+  /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libopenblas.so.0
+Si l'une des deux commandes retourne une erreur, l'image est incomplète —
+recommencez la construction.
 ===== 3. Transférer l'image sur le cluster =====
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 <code bash>
-scp openblas.sif votrenom@cluster.exemple.fr:~/
+scp openblas.sif login@frontalhpc2025:
 </code>
+/*
 <note warning>
 Évitez de stocker les images ''.sif'' directement dans votre ''$HOME'' pour un usage
@@ Ligne 107: / Ligne 110: @@
 Pour des tests ponctuels, le ''$HOME'' est suffisant.
 </note>
+*/
 ===== 4. Préparer le code source =====
-Voici un exemple de programme C utilisant OpenBLAS (multiplication de matrices DGEMM) :
+Voici un exemple de programme C utilisant OpenBLAS (multiplication de matrices) :
 <code c>
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     double gflops = (2.0 * N * N * N) / elapsed / 1e9;
-    printf("DGEMM N=%d : %.3f s | %.2f GFLOPS\n", N, elapsed, gflops);
+    printf("N=%d : %.3f s | %.2f GFLOPS\n", N, elapsed, gflops);
     free(A); free(B); free(C);
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 <code bash>
 #!/bin/bash
-#SBATCH --job-name=bench_apptainer
 #SBATCH --nodes=1
 #SBATCH --ntasks=1
 #SBATCH --cpus-per-task=1
-#SBATCH --account=votre_compte
-#SBATCH --output=bench_apptainer_%j.out
-#SBATCH --error=bench_apptainer_%j.err
 IMG=~/openblas.sif
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     -Wl,-rpath,/usr/local/lib
-# Exécution (10 runs)
+# Exécution dans le conteneur
-for i in $(seq 1 10); do
+apptainer exec $IMG $BIN
-    echo -n "Run $i : "
-    apptainer exec $IMG $BIN
-done
 </code>
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 </code>
-Surveillez l'avancement :
-<code bash>
+Ensuite tout se déroule comme un job classique.
-squeue -u $USER
-</code>
-Consultez les résultats une fois le job terminé :
-<code bash>
-cat bench_apptainer_<jobid>.out
-</code>
-===== Résultats attendus =====
-<code>
-Run 1 : DGEMM N=8192 : xx.xxx s | xx.xx GFLOPS
-Run 2 : DGEMM N=8192 : xx.xxx s | xx.xx GFLOPS
-...
-</code>
 ===== Références =====