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apptainer

Différences

Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.

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apptainer [2026/03/20 14:45] – adminapptainer [2026/04/22 16:23] (Version actuelle) – admin
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 ====== Utilisation d'Apptainer ====== ====== Utilisation d'Apptainer ======
  
-Cette page décrit comment créer et utiliser un conteneur Apptainer sur le cluster. + 
 +//Apptainer est un outil de conteneurisation permettant d’exécuter des applications dans des environnements logiciels isolés, appelés conteneurs. Apptainer s’inscrit dans la même logique que Docker, tout en étant adapté aux contraintes des infrastructures de calcul. Dans le cadre de la plateforme de calcul, il permet d'installer de manière autonome des outils et bibliothèques et de les faire tourner sur les noeuds de calcul.// 
 + 
 +Cette page décrit comment utiliser Apptainer pour faire tourner un programme C 
 +utilisant la bibliothèque OpenBLAS sur le cluster. Elle couvre la création de 
 +l'image conteneur, sa construction sur votre machine personnelle, son transfert 
 +sur le cluster, et la soumission d'un job Slurm. 
 + 
 +OpenBLAS n'étant pas installé sur les nœuds de calcul, Apptainer permet d'embarquer 
 +la bibliothèque dans une image portable et de l'utiliser sans intervention de 
 +l'administrateur système.
  
 ===== Prérequis ===== ===== Prérequis =====
Ligne 161: Ligne 171:
 <code bash> <code bash>
 #!/bin/bash #!/bin/bash
-#SBATCH --job-name=bench_apptainer 
 #SBATCH --nodes=1 #SBATCH --nodes=1
 #SBATCH --ntasks=1 #SBATCH --ntasks=1
 #SBATCH --cpus-per-task=1 #SBATCH --cpus-per-task=1
-#SBATCH --account=votre_compte 
-#SBATCH --output=bench_apptainer_%j.out 
-#SBATCH --error=bench_apptainer_%j.err 
  
 IMG=~/openblas.sif IMG=~/openblas.sif
Ligne 181: Ligne 187:
     -Wl,-rpath,/usr/local/lib     -Wl,-rpath,/usr/local/lib
  
-# Exécution (10 runs) +# Exécution dans le conteneur 
-for i in $(seq 1 10); do +apptainer exec $IMG $BIN 
-    echo -n "Run $i : " +
-    apptainer exec $IMG $BIN +
-done+
 </code> </code>
  
Ligne 200: Ligne 204:
 </code> </code>
  
-Surveillez l'avancement : 
  
-<code bash> +Ensuite tout se déroule comme un job classique.
-squeue -u $USER +
-</code>+
  
-Consultez les résultats une fois le job terminé : 
- 
-<code bash> 
-cat bench_apptainer_<jobid>.out 
-</code> 
- 
-===== Résultats attendus ===== 
- 
-<code> 
-Run 1 : DGEMM N=8192 : xx.xxx s | xx.xx GFLOPS 
-Run 2 : DGEMM N=8192 : xx.xxx s | xx.xx GFLOPS 
-... 
-</code> 
  
 ===== Références ===== ===== Références =====
apptainer.1774014302.txt.gz · Dernière modification : 2026/03/20 14:45 de admin