Différences

Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.

--- jobarray [2017/06/16 14:32] – créée toussain
+++ jobarray [2019/01/11 15:19] (Version actuelle) – hetoussa
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 ~~NOTOC~~
 ====== Les tableaux de jobs ======
 Les tableaux de jobs (Job arrays) offrent une manière très simple pour soumettre un grand nombre de jobs indépendants. Ils peuvent être typiquement utilisés pour appliquer le même programme à différentes données d'entrée.
-La soumission d'un tableau de jobs s'effectue simplement en ajoutant l'option --array=<indices> à la liste des options de la commande sbatch. Par exemple l'option --array=0-9 crée un tableau de jobs indicé de 0 à 9.
-La variable d'environnement  SLURM_ARRAY_TASK_ID donne l'indice du job courant dans le tableau. L'exemple suivant montre comment créer un tableau de 10 jobs et utiliser la variable SLURM_ARRAY_TASK_ID pour que chaque job s'exécute sur une instance (donnée d'entrée) différente. Les instances s'appellent insA.txt à insJ.txt et sont passées en argument de la ligne de commande.
+=====Soumission d'un tableau de jobs=====
+La soumission d'un tableau de jobs s'effectue simplement en ajoutant l'option <code bash>--array=<indices></code> à la liste des options de la commande **sbatch**.
+La variable d'environnement  <color brown> SLURM_ARRAY_TASK_ID </color> donne l'indice du job courant dans le tableau.
+=====Exemple=====
+L'exemple suivant montre comment créer un tableau de 10 jobs et utiliser la variable <color brown> SLURM_ARRAY_TASK_ID </color> pour que chaque job s'exécute sur une instance (donnée d'entrée) différente. Les instances s'appellent insA.txt à insJ.txt et sont passées en argument de la ligne de commande.
+<code bash>
+#!/bin/bash
+#================= OPTIONS (s'applique à chaque job du tableau) =========================
+#SBATCH --array=0-9              # création d'un tableau de 10 jobs indicés de 0 à 9
+#SBATCH --partition=court        # choix de la partition
+#SBATCH --ntasks=1               # chaque job possède une seule task
+#SBATCH --cpus-per-task=4        # une task nécessite 4 CPU
+#SBATCH --mem-per-cpu=2048       # 2 Go de RAM par CPU
+#SBATCH --output=nouveau-nom_%a  # modifie le nom du fichier de sortie par défaut
+#========================== TASKS ================================
+tab=(A B C D E F G H I J)
+./exe ins${tab[$SLURM_ARRAY_TASK_ID]}.txt
+</code>
+Voir la section [[varenv|Variables d'environnement SLURM]] pour plus d'information sur les variables d'environnement liées aux tableaux de jobs.