Différences

Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.

--- mpi [2018/05/15 12:27] – hetoussa
+++ mpi [2019/06/05 15:37] (Version actuelle) – borlonjo
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 ====== Programmation en C avec MPI ======
-===== Script pour un programme multi processus à mémoire distribuée (type MPI) =====
+===== Exemple de code C utilisant MPI =====
+Un exemple (très simple) de code C utilisant MPI est disponible [[http://fc.isima.fr/~toussain/docWiki/MPI/hello.c|ici]].
+Pour le compiler ajoutez les lignes suivantes dans votre fichier .bashrc
+<code bash>
+if ! (which mpicc>/dev/null 2>&1) && [ -d /usr/lib64/openmpi ]; then
+  export PATH=/usr/lib64/openmpi/bin:$PATH
+  export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/usr/lib64/openmpi/lib
+fi
+</code>
+Elles permettent de compiler et //linker// avec la bonne version de MPI.
+Compilation : <code bash>mpicc hello.c -o hello</code>
+===== Script pour lancer un programme MPI sur un seul noeud =====
+SLURM est fait pour fonctionner avec MPI. Par défaut, il lancera autant de processus que de cœurs réservés avec l'option ''<nowiki>--ntasks</nowiki>''.
+Le script suivant exécute le programme précédent sur un seul noeud :
-SLURM est fait pour fonctionner avec MPI. Par défaut, il lancera autant de processus que de cœurs disponibles. On peut utiliser l'option **bind-to-core** de **mpirun** pour attacher les processus MPI sur les cœurs.
 <code bash>
 #!/bin/bash
 # ============= options de sbatch (ici réservation de 32 cores)==================
-#SBATCH --ntasks=32            # 32 tasks car 32 processus en parallèle
+#SBATCH --ntasks=32            # 32 tasks => 32 processus en parallèle
 #SBATCH --ntasks-per-core=1    # on met une seule task par CPU
 # =====================ligne de commande ==================================
 mpirun ./exe
+</code>
+Remarque : On peut utiliser l'option **bind-to-core** de **mpirun** pour attacher les processus MPI sur les cœurs.
+===== Script pour lancer un programme MPI en parallèle sur plusieurs noeuds =====
+L'intérêt de la bibliothèque MPI est de pouvoir utiliser plusieurs noeuds en parallèle. Le script suivant montre comment lancer 16 processus en parallèle répartis sur 4 noeuds. Il nécessite de créer au préalable un fichier [[http://fc.isima.fr/~toussain/docWiki/MPI/machine|machine]] qui contient la liste des machines à utiliser par MPI avec le nombre de processus à lancer sur chacune.
+Les options données à SLURM doivent être cohérentes avec les informations contenues dans le fichier machine.
+<code bash>
+#!/bin/bash
+#SBATCH --ntasks=16
+#SBATCH --ntasks-per-core=1
+#SBATCH --job-name=testMPI
+#SBATCH --nodelist=node22,node23,node24,node25
+#le fichier machine contient la liste des machines à utiliser
+#elle doit être la même que celle définie par nodelist
+mpiexec -machinefile machine ./hello
+#REMARQUE 1 : ntasks doit être exactement égal au nb de threads désirés qui doit être égal au nombre de slots
+#total défini dans le fichier machine
+#REMARQUE 2 : tous les noeuds sur lesquels vont s'exécuter le programme doivent faire partie de la même partition
 </code>