====== Python ======

Cette page explique comment installer votre propre Python, avec les bibliothèques dont vous avez besoin, et l'utiliser dans vos jobs. Tout s'installe dans votre répertoire personnel.

On utilise **Miniforge**, une version légère de conda. Elle permet de créer des **environnements** : chacun contient sa propre version de Python et ses propres bibliothèques.

===== Tuto rapide =====

==== 1. Se connecter à christmas ====

L'installation se fait depuis le serveur ''christmas'' (ou ''l40s02''), pas depuis le frontal : le frontal est un petit serveur, il n'est pas fait pour ça.

Dans un terminal de votre PC, tapez :

<code bash>
ssh login@christmas
</code>

Vous arrivez dans votre répertoire personnel : c'est le même que sur le frontal et sur les nœuds de calcul.

==== 2. Installer Miniforge (une seule fois) ====

Dans le terminal, tapez :

<code bash>
wget https://github.com/conda-forge/miniforge/releases/latest/download/Miniforge3-Linux-x86_64.sh
bash Miniforge3-Linux-x86_64.sh -b -p miniforge3
rm Miniforge3-Linux-x86_64.sh
</code>

Miniforge est installé dans le répertoire ''miniforge3''.

==== 3. Créer un environnement ====

Dans le terminal, tapez :

<code bash>
source ~/miniforge3/etc/profile.d/conda.sh
conda create -n mon_env python=3.12 -y
conda activate mon_env
</code>

Installez ensuite les bibliothèques dont vous avez besoin, par exemple :

<code bash>
pip install numpy pandas
</code>

''mon_env'' est le nom de l'environnement : choisissez celui que vous voulez.

==== 4. Utiliser l'environnement dans un job ====

Ajoutez ces deux lignes dans votre script, avant d'appeler Python :

<file bash mon_job.sh>
#!/bin/bash

source ~/miniforge3/etc/profile.d/conda.sh
conda activate mon_env

python mon_script.py
</file>

Puis lancez le job depuis le frontal, comme d'habitude :

<code bash>
sbatch mon_job.sh
</code>

C'est tout ! La suite de la page est facultative.

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===== Pour aller plus loin =====

==== Retrouver son environnement ====

À chaque nouvelle connexion, pour utiliser votre environnement dans le terminal (par exemple pour installer une nouvelle bibliothèque), tapez :

<code bash>
source ~/miniforge3/etc/profile.d/conda.sh
conda activate mon_env
</code>

Dans ces commandes, ''~'' désigne votre répertoire personnel : elles fonctionnent quel que soit le répertoire où vous vous trouvez.

==== Gérer ses environnements ====

  * Voir la liste de vos environnements : ''conda env list''
  * Supprimer un environnement : ''conda env remove -n mon_env''

Les environnements prennent beaucoup de place et comptent dans votre quota : évitez d'en créer trop, et supprimez ceux dont vous ne vous servez plus.

==== Ne pas utiliser conda init ====

Conda propose de lancer ''conda init'' pour s'activer automatiquement à chaque connexion. **Ne le faites pas** : cette commande modifie votre fichier ''.bashrc'' et peut perturber d'autres outils du cluster. Utilisez plutôt la ligne ''source ...'' ci-dessus.