Cette page décrit comment créer et utiliser un conteneur Apptainer sur le cluster.

• Avoir Apptainer installé sur sa machine Linux personnelle (voir documentation officielle)

Le fichier `.def` est la recette de construction du conteneur. Il décrit le système de base et les logiciels à installer.

Créez un fichier openblas.def sur votre machine personnelle.

Simple et rapide. Utilise la version d'OpenBLAS fournie par Ubuntu.

Bootstrap: docker
From: ubuntu:24.04

%post
    apt-get update -y
    apt-get install -y gcc-13 libopenblas-dev

%environment
    export LD_LIBRARY_PATH=/usr/lib/x86_64-linux-gnu:$LD_LIBRARY_PATH

%labels
    Author      votre.email@exemple.fr
    Version     1.0
    Description Image HPC avec GCC 13 et OpenBLAS

Recommandée si vous souhaitez contrôler précisément les options de compilation (optimisations CPU, support multithread, etc.).

Bootstrap: docker
From: ubuntu:24.04

%post
    apt-get update -y
    apt-get install -y gcc-13 make wget tar

    cd /tmp
    wget https://github.com/OpenMathLib/OpenBLAS/releases/download/v0.3.26/OpenBLAS-0.3.26.tar.gz
    tar xzf OpenBLAS-0.3.26.tar.gz
    cd OpenBLAS-0.3.26
    make CC=gcc-13
    make PREFIX=/usr/local install

%environment
    export LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/lib:$LD_LIBRARY_PATH

%labels
    Author      votre.email@exemple.fr
    Version     1.0
    Description Image HPC avec GCC 13 et OpenBLAS compilé depuis les sources

La construction de l'image nécessite les droits root. Elle doit donc être effectuée sur votre machine personnelle (Linux), et non sur le cluster.

sudo apptainer build openblas.sif openblas.def

La construction prend quelques minutes. À l'issue, un fichier openblas.sif est créé.

Vérifiez que l'image est correcte avant de la transférer :

apptainer exec openblas.sif gcc-13 --version
apptainer exec openblas.sif ls /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libopenblas*

Copiez l'image depuis votre machine personnelle vers votre répertoire de travail sur le cluster :

scp openblas.sif votrenom@cluster.exemple.fr:~/

Voici un exemple de programme C utilisant OpenBLAS (multiplication de matrices DGEMM) :

/* bench_dgemm.c */
#include <stdio.h>
#include <stdlib.h>
#include <time.h>
#include <cblas.h>
 
#define N 8192
 
int main() {
    openblas_set_num_threads(1);
 
    double *A = malloc(N * N * sizeof(double));
    double *B = malloc(N * N * sizeof(double));
    double *C = calloc(N * N, sizeof(double));
 
    for (int i = 0; i < N * N; i++) {
        A[i] = (double)rand() / RAND_MAX;
        B[i] = (double)rand() / RAND_MAX;
    }
 
    struct timespec t0, t1;
    clock_gettime(CLOCK_MONOTONIC, &t0);
 
    cblas_dgemm(CblasRowMajor, CblasNoTrans, CblasNoTrans,
                N, N, N, 1.0, A, N, B, N, 0.0, C, N);
 
    clock_gettime(CLOCK_MONOTONIC, &t1);
 
    double elapsed = (t1.tv_sec - t0.tv_sec) +
                     (t1.tv_nsec - t0.tv_nsec) * 1e-9;
    double gflops = (2.0 * N * N * N) / elapsed / 1e9;
 
    printf("DGEMM N=%d : %.3f s | %.2f GFLOPS\n", N, elapsed, gflops);
 
    free(A); free(B); free(C);
    return 0;
}

Placez ce fichier dans votre répertoire de travail sur le cluster :

~/mon_projet/bench_dgemm.c

Créez le script de soumission bench_apptainer.sh :

#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=bench_apptainer
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks=1
#SBATCH --cpus-per-task=1
#SBATCH --account=votre_compte
#SBATCH --output=bench_apptainer_%j.out
#SBATCH --error=bench_apptainer_%j.err
 
IMG=~/openblas.sif
SRC=~/mon_projet/bench_dgemm.c
BIN=~/mon_projet/bench_dgemm
 
# Compilation dans le conteneur
apptainer exec $IMG \
    gcc-13 -O3 -march=native -o $BIN $SRC \
    -I/usr/local/include \
    -L/usr/local/lib \
    -lopenblas \
    -Wl,-rpath,/usr/local/lib
 
# Exécution (10 runs)
for i in $(seq 1 10); do
    echo -n "Run $i : "
    apptainer exec $IMG $BIN
done

Soumettez le job :

sbatch bench_apptainer.sh

Surveillez l'avancement :

squeue -u $USER

Consultez les résultats une fois le job terminé :

cat bench_apptainer_<jobid>.out

Run 1 : DGEMM N=8192 : xx.xxx s | xx.xx GFLOPS
Run 2 : DGEMM N=8192 : xx.xxx s | xx.xx GFLOPS
...

• Documentation officielle Apptainer
• Site officiel OpenBLAS