Plateforme de Calcul du LIMOS

acces

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2026-03-20T14:08:21+00:00

Accès aux serveurs * Les serveurs de calcul sont dédiés à la recherche * Les étudiants de l'ISIMA ou de master peuvent y accéder dans le cadre d'un projet de recherche et sur demande de l'encadrant * Adressez vos demandes d'ouverture de compte auprès d'Hélène Toussaint (helene.toussaint -AT- uca.fr) ou Raphaël Amato (raphael.amato -AT- uca.fr)

apptainer

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2026-04-01T16:18:57+00:00

Utilisation d'Apptainer -- Bientôt disponible sur la plateforme de calcul -- Cette page décrit comment utiliser Apptainer pour faire tourner un programme C utilisant la bibliothèque OpenBLAS sur le cluster. Elle couvre la création de l'image conteneur, sa construction sur votre machine personnelle, son transfert sur le cluster, et la soumission d'un job Slurm.

config

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2021-04-23T16:00:09+00:00

Configuration actuelle du cluster Partitions Il y a actuellement 4 partitions : * normal : jobs limités à 7 jours * court : jobs limités à 48 heures * long : jobs limités à 90 jours * crypto : jobs limités à 90 jours (réservée équipe crypto

cplex

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2018-10-11T22:49:41+00:00

Utilisation de Cplex avec SLURM Script pour lancer Cplex en ligne de commande Le script suivant fixe le nombre de threads max à 4, lit le fichier test.lp, le résout, et affiche les résultats. Les résultats seront sauvegardés dans le fichier slurm.out.

cuda

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2018-10-11T22:49:41+00:00

Programmation CUDA Script pour un programme utilisant les GPU Nvidia Remarque : il faut compiler sur la machine qui possède les GPU, c'est pourquoi ce script inclut la compilation. #!/bin/bash # ============= options de sbatch ================== #SBATCH --partition=GPU-nvidia #SBATCH --constraint=GPU-NVIDIA-P5000 #SBATCH --ntasks=1 # =====================lignes de commande ================================== make clean make time ./vectorAdd

doc

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2018-10-11T22:49:41+00:00

Documentation sur le HPC * Victor Eijkhout, Introduction to High Performance Scientific Computing :

erreur

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2018-10-11T22:49:41+00:00

Erreurs classiques Erreurs à la soumission d'un job Erreur 1 : "configuration not available" sbatch: error: Batch job submission failed: Requested node configuration is not available Des options sont contradictoires dans votre script : * par exemple vous demandez la partition "court" (

formation

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2026-03-03T14:58:01+00:00

Formations * Module ED-SPI1 2026: * Cours SLURM : [ exemples] [ presentation] * Diapos et exemples présentés lors de la formation du 19/06/2018 : [exemples], [présentation]

gencle

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2018-10-11T22:49:41+00:00

Génération d'une paire de clés pour la connexion sur le bastion Génération des clés sous linux * Ouvrez un terminal * Tapez ssh-keygen -t rsa * Le système vous demande où sauvegarder et vous propose un emplacement par défaut (Enter file in which to save the key) : tapez entrée pour accepter cet emplacement

jobarray

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2019-01-11T15:19:20+00:00

Les tableaux de jobs Les tableaux de jobs (Job arrays) offrent une manière très simple pour soumettre un grand nombre de jobs indépendants. Ils peuvent être typiquement utilisés pour appliquer le même programme à différentes données d'entrée.

logiciels

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2021-04-23T15:59:35+00:00

Demande d'installation de nouveaux logiciels Les demandes d'installation de nouveaux logiciels sont à faire au service informatique (https://support.isima.fr) Outils de développement en C / C++ Des Developer Toolset (https://doc.isima.fr/calcul/devtoolset/) sont installés sur les serveurs de calcul, ils permettent d'avoir accès à des versions de gcc (et différents outils comme valgrind, gdb

machines

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2026-03-05T14:10:09+00:00

Listes des serveurs de calcul Politique d'utilisation des serveurs * Les machines de calcul sont dédiées à la recherche * Les étudiants de l'ISIMA ou de master peuvent accéder aux machines dans le cadre d'un projet de recherche et sur demande de l'encadrant

mesure

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2021-06-30T13:48:40+00:00

Mesure des temps de calcul Reproductibilité des temps de calcul Si vous souhaitez reproduire vos temps de calcul, ou comparer les temps de calcul de différents programmes vous devez utiliser le cluster SLURM (et non les machines en libre accès sur lesquelles les temps de calcul peuvent subir de grandes variations en fonction de leur taux d'utilisation).

mpi

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2019-06-05T15:37:27+00:00

Programmation en C avec MPI Exemple de code C utilisant MPI Un exemple (très simple) de code C utilisant MPI est disponible ici. Pour le compiler ajoutez les lignes suivantes dans votre fichier .bashrc if ! (which mpicc>/dev/null 2>&1) && [ -d /usr/lib64/openmpi ]; then export PATH=/usr/lib64/openmpi/bin:$PATH export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/usr/lib64/openmpi/lib fi

nextcloud

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2021-04-23T16:14:24+00:00

NextCloud : téléchargez (download / upload) facilement vos fichiers Les fichiers stockés sur le serveur de fichiers "dirs", monté par les serveurs de calcul, sont accessibles par le web. Autrement dit, vous pouvez télécharger facilement vos fichiers (les fichiers que vous utilisez sur les serveurs de calcul) en passant le web (sans utiliser de VPN ou de connexion ssh).

nouvmac

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2022-07-08T16:40:29+00:00

Nouveauté 2021 De nouveaux serveurs de calcul sont en cours d'installation, ainsi qu'une nouvelle machine frontale pour accéder au cluster SLURM (frontalhpc2020). Tous les noeuds vont migrer progressivement vers le "nouveau cluster" en avril / mai 2021.

openmp

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2018-10-11T22:49:41+00:00

Programmation en C avec openMP Un exemple (très simple) de multiplication matricielle avec openMP est disponible ici. Compilation : gcc -fopenmp prodMatriciel_parallelfor.c -o exe Script pour un programme multithread à mémoire partagée (type openMP)

participer

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2018-10-11T22:49:41+00:00

Participer au wiki Quelles informations ? Tous les utilisateurs des serveurs de calcul sont invités à participer à ce wiki afin de mutualiser les connaissances. La participation peut concerner l'utilisation de SLURM, l'utilisation des bibliothèques de calcul (Cplex, TensorFlow

pratique

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2023-12-12T11:09:08+00:00

Bonnes pratiques Afin que la plateforme de calcul puisse être utilisée dans de bonnes conditions, soyez parcimonieux dans vos demandes d'allocations (CPU et RAM) Cluster SLURM * Ne pas réserver totalement plus de 2 noeuds de la partition normal

premierspas

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2026-03-20T14:20:03+00:00

Utilisation du cluster et de SLURM Un cluster est un regroupement de machines dédiées au calcul. Il est composé d'une machine frontale ("porte d'entrée" du cluster) et de plusieurs machines de calcul, appelées nœuds, et éventuellement hétérogènes (

progc

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2018-10-11T22:49:41+00:00

Programmation en C / C++ Eléments de programmation multithread Depuis le C++11, manipuler des threads en C++ est devenu plus simple et totalement portable. Voici un diaporama qui présente brièvement des fonctionnalités standards du C++ actuel qui permettent de lancer des tâches sur des threads et les synchroniser:

python

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2019-07-17T14:31:45+00:00

Quelques informations concernant l'utilisation de python sur la plateforme Problème concernant le lock files avec Keras et H5PY Si vous utilisez une bibliothèque pour manipuler des fichiers, il est possible que vous rencontriez un problème lié au lock file. En effet, sur toutes les machines utilisant CentOs (les noeuds liés à frontalhpc), il semblerait que le NFS (système de fichier en réseau) ait un paramètre visant à bloquer les lock files.

sbatch

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2019-01-14T19:29:27+00:00

Quelques options de sbatch Une synthèse des options disponibles pour sbatch est disponible via la commande sbatch --help et la page de man donne davantage de précisions sur chaque option. Options de réservation des ressources optionutilisation

shell

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2018-10-11T22:49:41+00:00

shell interactif On peut utiliser un job pour demander un shell interactif (i.e. une session bash sur un nœud de calcul). Ceci peut être intéressant pour des programmes en cours de débogage, nécessitant une interaction avec l'utilisateur ou des compilations longues.

sidebar

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2026-03-20T14:36:00+00:00

Généralités HPC * accueil * participer au wiki Ressources de calcul * accès aux serveurs * machines Utilisation du cluster SLURM Fonctionnement général * découverte de SLURM * config actuelle (partitions...) Utilisation avancée de SLURM * options de sbatch * suivi des jobs * tableau de jobs * variables d'environnement SLURM * shell interactif * erreurs classiques Cours et exemples * C et C++ * MPI * openMP * Cplex Informations diverses

sshfs

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2021-05-14T19:28:42+00:00

Accéder à ses fichiers via un lecteur réseau depuis Windows Pour accéder facilement à ses fichiers sur frontalhpc une solution simple consiste à monter un lecteur réseau SSH. Sous Windows la marche à suivre est la suivante : 1. installer

start

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2026-02-26T07:26:34+00:00

Plateforme de Calcul du LIMOS La plateforme de calcul du LIMOS est destinée à l’ensemble des membres du laboratoire. Elle regroupe les ressources de calcul mutualisées du laboratoire et peut être utilisée pour tous les besoins en calcul. Vous trouverez dans cette documentation les informations nécessaires pour accéder au service ainsi que la liste des serveurs disponibles.

suivi

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2018-10-11T22:49:41+00:00

Suivi des jobs SLURM dispose de nombreuses commandes pour le suivi des jobs, et chaque commande a de nombreuses options. On donne ici les principales. File d'attente * squeue affiche les jobs en cours et en attente dans l'ordre de leur priorité

test

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2018-10-11T22:49:41+00:00

~~NOTICEBOARD~~

varenv

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2018-10-11T22:49:41+00:00

Variables d'environnement SLURM On donne ici seulement quelques unes des variables d'environnement qui sont disponibles dans SLURM. Pour une liste exhaustive voir https://slurm.schedmd.com/sbatch.html#lbAG. Information sur le job * SLURM_JOB_ID : numéro du job * SLURM_JOB_NAME : nom du job