Cette page explique comment installer votre propre Python, avec les bibliothèques dont vous avez besoin, et l'utiliser dans vos jobs. Vous n'avez pas besoin de l'administrateur : tout s'installe dans votre répertoire personnel.

On utilise Miniforge, une version légère de conda. Elle permet de créer des environnements : chacun contient sa propre version de Python et ses propres bibliothèques.

L'installation se fait depuis le serveur christmas (ou l40s02), pas depuis le frontal : le frontal est un petit serveur, il n'est pas fait pour ça.

Dans un terminal de votre PC, tapez :

ssh login@christmas

Vous arrivez dans votre répertoire personnel : c'est le même que sur le frontal et sur les nœuds de calcul.

Dans le terminal, tapez :

wget https://github.com/conda-forge/miniforge/releases/latest/download/Miniforge3-Linux-x86_64.sh
bash Miniforge3-Linux-x86_64.sh -b -p miniforge3
rm Miniforge3-Linux-x86_64.sh

Miniforge est installé dans le répertoire miniforge3.

Dans le terminal, tapez :

source ~/miniforge3/etc/profile.d/conda.sh
conda create -n mon_env python=3.12 -y
conda activate mon_env

Installez ensuite les bibliothèques dont vous avez besoin, par exemple :

pip install numpy pandas

mon_env est le nom de l'environnement : choisissez celui que vous voulez.

Ajoutez ces deux lignes dans votre script, avant d'appeler Python :

mon_job.sh

#!/bin/bash
 
source ~/miniforge3/etc/profile.d/conda.sh
conda activate mon_env
 
python mon_script.py

Puis lancez le job depuis le frontal, comme d'habitude :

sbatch mon_job.sh

C'est tout ! La suite de la page est facultative.

À chaque nouvelle connexion, pour utiliser votre environnement dans le terminal (par exemple pour installer une nouvelle bibliothèque), tapez :

source ~/miniforge3/etc/profile.d/conda.sh
conda activate mon_env

Dans ces commandes, ~ désigne votre répertoire personnel : elles fonctionnent quel que soit le répertoire où vous vous trouvez.

• Voir la liste de vos environnements : conda env list
• Supprimer un environnement : conda env remove -n mon_env

Les environnements prennent beaucoup de place et comptent dans votre quota : évitez d'en créer trop, et supprimez ceux dont vous ne vous servez plus.

Conda propose de lancer conda init pour s'activer automatiquement à chaque connexion. Ne le faites pas : cette commande modifie votre fichier .bashrc et peut perturber d'autres outils du cluster. Utilisez plutôt la ligne source … ci-dessus.